Alpha Oumar Konaré lahir di Kayes, Mali. Beliay anak keempat kelahiran seorang guru berbangsa Bambara dan seorang surirumah bangsa Fula. Beliau memulakan pendidikannya di Kayes sebelum meneruskan pengajiannya di seberapa sekolah di Bamako dan Dakar di Senegal.

Beliau melanjutkan pengajiannya dalam bidang sejarah di École Normale Supérieure Bamako (1965–1969) serta di Universiti Warsaw antara tahun 1971 dan 1975.